ระบบการบริหารและจัดการทุนของไทย แต่เดิมมีหน่วยงานบริหารและจัดการทุน 4 หน่วยงาน คือ สำนักงานการวิจัยแห่งชาติ (วช.) สำนักงานนวัตกรรมแห่งชาติ (สนช.) สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน) (สวก.) และสถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข (สวรส.) โดยแต่ละหน่วยจะมีภารกิจของตนเอง ซึ่งอาจจะไม่ครอบคลุมทุกมิติของการขับเคลื่อนไทยสู่ประเทศเศรษฐกิจฐานนวัตกรรม และไม่มีกำลังพอที่จะสามารถผลักดันให้ประเทศไทยสามารถสร้างนวัตกรรมในตลาดโลกได้ อีกทั้งเพื่อให้เกิดการขับเคลื่อนการปฏิรูประบบการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม สภานโยบายจึงได้มีการจัดตั้งหน่วยบริหารและจัดการทุนเฉพาะด้านภายใต้สภานโยบายขึ้น โดยไม่มีสถานะเป็นนิติบุคคล มีคณะกรรมการบริหารที่มีความเป็นอิสระ และมี สอวช. ทำหน้าที่เป็นร่มนิติบุคคล โดยไม่เข้าไปแทรกแซงการทำงานของคณะกรรมการบริหารและผู้อำนวยการ
ทั้งนี้ 3 หน่วยบริหารและจัดการทุน ใน สอวช. ประกอบด้วย หน่วยด้านการพัฒนาด้านกำลังคน หน่วยด้านการเพิ่มขีดความสามารถในการแข่งขัน และหน่วยด้านการพัฒนาเชิงพื้นที่ที่มุ่งเศรษฐกิจฐานรากเป็นหลัก โดยทั้ง 3 หน่วยที่ตั้งขึ้น เมื่อขึ้นรูปและฟูมฟักเพื่อให้แน่ใจว่าสามารถเป็นหน่วยงานบริหารและจัดการทุนที่มีประสิทธิภาพแล้วจะเร่ง Spin off ออกจาก สอวช. โดยเร็วที่สุด ซึ่งคาดว่าจะใช้เวลาไม่เกิน 3 ปี
หน่วยบริหารและจัดการทุนที่จัดตั้งขึ้นใน สอวช. ภายใต้การกำกับดูแลของสภานโยบาย ประกอบด้วย 3 หน่วย คือ 1. หน่วยบริหารและจัดการทุนด้านการพัฒนากำลังคน และทุนด้านการพัฒนาสถาบันอุดมศึกษา การวิจัยและการสร้างนวัตกรรม (บพค.) จัดสรรทุนด้านการพัฒนากำลังคนในสาขาที่จำเป็นต่อการพัฒนาประเทศตามนโยบายและยุทธศาสตร์การอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม และนโยบายของรัฐบาล รวมถึงการให้ทุนการศึกษา ทุนสนับสนุนนักวิจัยและบุคลากรอื่นหลังปริญญา ทุนด้านการพัฒนาสถาบันอุดมศึกษาและสถาบันวิจัยและนวัตกรรม และทุนด้านการพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานด้านวิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยี 2. หน่วยบริหารและจัดการทุนด้านการเพิ่มความสามารถในการแข่งขันของประเทศ (บพข.) จัดสรรทุนวิจัยและสร้างนวัตกรรมเพื่อเพิ่มความสามารถในการแข่งขันของภาคการผลิตและภาคบริการ รวมถึงทุนสนับสนุนการถ่ายทอดเทคโนโลยี การสร้างตลาดนวัตกรรม การส่งเสริมการใช้ประโยชน์ผลงานวิจัยและนวัตกรรมในเชิงพาณิชย์ และการพัฒนาแพลตฟอร์มทางนวัตกรรมในภาคการผลิตและภาคบริการ ทุนเพื่อพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานห้องปฏิบัติการเพื่อการให้บริการด้านคุณภาพและการถ่ายทอดเทคโนโลยี ทั้งนี้ การให้ทุนดังกล่าวมุ่งเน้นการสนับสนุนแผนงานที่มีความร่วมมือหรือการร่วมลงทุนกับผู้ใช้ประโยชน์ อาทิ SMEs และภาคอุตสาหกรรม 3. หน่วยบริหารและจัดการทุนวิจัยและนวัตกรรมด้านการพัฒนาระดับพื้นที่ (บพท.) จัดสรรทุนวิจัยและนวัตกรรมเพื่อการพัฒนาเชิงพื้นที่ การพัฒนาชุมชน หรือท้องถิ่น ที่มีวัตถุประสงค์ให้ประชาชนมีชีวิตความเป็นอยู่ดีขึ้น มีคุณภาพชีวิตที่ดีและยกระดับขีดความสามารถในการแข่งขันของผู้ประกอบการรายใหม่ ธุรกิจขนาดจิ๋ว วิสาหกิจขนาดกลางและขนาดย่อม วิสาหกิจชุมชน และวิสาหกิจเพื่อสังคมในระดับพื้นที่
สำหรับหน่วยบริหารและจัดการทุนทั้ง 3 หน่วยข้างต้นมีหน้าที่และอำนาจ ในการรับเงินอุดหนุนทั่วไปที่ได้รับการจัดสรรจากกองทุนส่งเสริมวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม หรือแหล่งทุนอื่น และบริหารเงินดังกล่าวให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์และข้อผูกพันการรับทุน บริหารแผนงานด้านการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม ในความรับผิดชอบให้เกิดผลสัมฤทธิ์ จัดทำนโยบายและหลักเกณฑ์การจัดสรรทุนในด้านต่างๆ ให้สอดคล้องกับนโยบายและยุทธศาสตร์การอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม และนโยบายของรัฐบาล และระบบการจัดสรรทุนภายใต้วัตถุประสงค์ของหน่วยบริหารและจัดการทุนแต่ละแห่ง จัดทำหลักเกณฑ์เกี่ยวกับการขอรับทุน กลั่นกรองคำขอรับทุน และจัดสรรทุนให้แก่ผู้รับทุน ส่งเสริมและประสานให้ผู้รับทุนรวมตัวเพื่อร่วมกันรับและดำเนินโครงการที่ได้รับการสนับสนุน เพื่อให้เกิดพลังและความสำเร็จ ติดตามและช่วยเหลือให้โครงการที่ได้รับการสนับสนุนประสบผลสัมฤทธิ์ ประเมินผลโครงการที่ได้รับการสนับสนุน รวมถึงวิเคราะห์ สังเคราะห์ผลที่ได้จากการให้ทุนสนับสนุนโครงการต่าง ๆ ในภาพรวมว่าสัมฤทธิ์ผลตามแผนงานด้านการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรมหรือไม่ และทำข้อเสนอเพื่อประโยชน์ในการกำหนดแผนงานใหม่ และจัดทำรายงานประจำปีของหน่วยบริหารและจัดการทุนเสนอต่อสภานโยบาย